MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Clostridium thermocellum DSM 1313 chromosome

Total Repeats: 16050

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017304	ATT	2	6	10	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017304	CATT	2	8	39	46	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017304	AAT	2	6	127	132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017304	ACC	2	6	140	145	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_017304	GGA	2	6	202	207	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017304	CAA	2	6	1551	1556	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017304	TTG	2	6	1560	1565	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017304	AAT	2	6	1598	1603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017304	TTA	2	6	1729	1734	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017304	TAT	2	6	1736	1741	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017304	ATT	2	6	1755	1760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017304	A	6	6	1770	1775	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017304	AGG	2	6	1777	1782	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017304	T	6	6	3126	3131	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017304	TAT	3	9	4249	4257	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017304	ATGT	2	8	4265	4272	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017304	A	7	7	4279	4285	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017304	ATTTA	2	10	4297	4306	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017304	ATAAA	2	10	4309	4318	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017304	ATT	2	6	4328	4333	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017304	GGA	2	6	4399	4404	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017304	AGG	2	6	4762	4767	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017304	T	8	8	6726	6733	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017304	T	7	7	6735	6741	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017304	AT	3	6	6822	6827	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017304	TAA	2	6	6828	6833	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017304	TAA	2	6	6838	6843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017304	TTG	2	6	6856	6861	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017304	AAT	2	6	6863	6868	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017304	ATTA	2	8	6932	6939	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017304	CAAG	2	8	6972	6979	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_017304	T	6	6	7113	7118	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017304	GT	3	6	7148	7153	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017304	TGAA	2	8	7158	7165	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017304	A	7	7	7164	7170	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017304	ACA	2	6	7230	7235	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017304	ACA	2	6	7278	7283	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017304	TAAT	2	8	7285	7292	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017304	AT	3	6	7401	7406	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017304	AAT	2	6	7407	7412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017304	AT	3	6	7431	7436	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017304	ATA	2	6	7440	7445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017304	CAA	2	6	7467	7472	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017304	TTAAA	2	10	7475	7484	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017304	GAA	2	6	7487	7492	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017304	GCA	2	6	7503	7508	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017304	T	9	9	7521	7529	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017304	CAC	2	6	7537	7542	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_017304	A	6	6	7610	7615	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017304	ATC	2	6	9380	9385	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017304	AT	3	6	9439	9444	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017304	ATT	2	6	9468	9473	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017304	TTA	2	6	9474	9479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017304	AAT	2	6	9489	9494	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017304	TAT	2	6	9500	9505	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017304	T	7	7	9545	9551	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017304	TAA	2	6	9558	9563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017304	AG	3	6	9603	9608	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017304	CGG	2	6	9690	9695	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017304	GCA	2	6	9763	9768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017304	GAAAA	2	10	9773	9782	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017304	ACAAA	2	10	9785	9794	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017304	A	6	6	9796	9801	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017304	A	8	8	9820	9827	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017304	AAAC	2	8	9841	9848	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017304	ATA	2	6	9866	9871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017304	AT	3	6	10399	10404	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017304	A	6	6	11181	11186	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017304	T	6	6	11207	11212	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017304	TATAA	2	10	11227	11236	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017304	GTAT	2	8	11237	11244	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017304	TTAA	2	8	11284	11291	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017304	TAAG	2	8	12652	12659	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017304	ATT	2	6	12676	12681	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017304	TAAAC	2	10	12695	12704	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017304	ATG	2	6	12754	12759	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017304	TAA	2	6	12790	12795	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017304	GA	3	6	12850	12855	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017304	CT	3	6	12928	12933	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_017304	ATT	2	6	12941	12946	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017304	T	7	7	12958	12964	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017304	CCT	2	6	13048	13053	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_017304	ATT	2	6	13077	13082	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017304	TGT	2	6	13099	13104	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017304	TAA	2	6	14567	14572	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017304	TAT	2	6	14575	14580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017304	TTAT	2	8	14595	14602	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017304	ATA	2	6	14606	14611	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017304	GAAAT	2	10	14637	14646	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017304	ATAA	2	8	14674	14681	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017304	A	6	6	14699	14704	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017304	TAA	2	6	14710	14715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017304	TAA	2	6	14725	14730	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017304	A	7	7	14729	14735	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017304	T	7	7	14770	14776	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017304	ATAA	2	8	14791	14798	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017304	GTAA	2	8	14839	14846	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017304	TCC	2	6	15773	15778	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_017304	AAT	2	6	15806	15811	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017304	TA	3	6	15854	15859	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017304	A	7	7	15863	15869	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017304	A	7	7	15884	15890	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017304	T	6	6	15906	15911	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017304	TAA	2	6	15929	15934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017304	GTT	2	6	15987	15992	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017304	ATT	2	6	15999	16004	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017304	CAT	2	6	16685	16690	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017304	ATA	2	6	16712	16717	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017304	A	7	7	16740	16746	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017304	AAT	2	6	16762	16767	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017304	ACA	2	6	16799	16804	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017304	AGG	2	6	16807	16812	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017304	TTTGA	2	10	17372	17381	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017304	TAAA	2	8	17395	17402	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017304	TAT	2	6	17431	17436	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017304	A	6	6	19173	19178	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017304	CAAAT	2	10	19184	19193	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017304	TTGC	2	8	19273	19280	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_017304	ATT	2	6	19300	19305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017304	ATTAT	2	10	19321	19330	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017304	A	7	7	19345	19351	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017304	AT	3	6	19354	19359	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017304	TAT	2	6	19415	19420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017304	ATA	2	6	19497	19502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017304	ACC	2	6	20793	20798	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_017304	CTA	2	6	20816	20821	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017304	A	6	6	20831	20836	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017304	TAA	2	6	20897	20902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017304	GGT	2	6	20965	20970	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017304	T	7	7	21331	21337	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017304	TAA	2	6	21339	21344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017304	ATT	2	6	21345	21350	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017304	TA	3	6	21360	21365	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017304	ATTT	2	8	21379	21386	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017304	AGTGG	2	10	21439	21448	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017304	AAAATT	2	12	21813	21824	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017304	GA	3	6	21862	21867	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017304	A	6	6	21915	21920	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017304	ACAA	2	8	21924	21931	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_017304	T	8	8	21980	21987	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017304	ATAA	2	8	22004	22011	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017304	AGG	2	6	22016	22021	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017304	ATA	2	6	25079	25084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017304	T	6	6	25134	25139	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017304	ATT	2	6	25153	25158	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017304	ATT	2	6	25337	25342	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017304	ATT	2	6	25351	25356	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017304	ATT	2	6	25378	25383	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017304	ATA	2	6	25414	25419	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017304	TAA	2	6	26316	26321	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017304	ATT	2	6	26349	26354	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017304	T	6	6	26363	26368	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017304	AATT	2	8	27144	27151	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017304	GTT	2	6	27157	27162	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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177	NC_017304	ATTATA	2	12	29452	29463	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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449	NC_017304	TTTAT	2	10	98083	98092	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
450	NC_017304	GAA	2	6	98103	98108	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
451	NC_017304	A	6	6	98184	98189	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
452	NC_017304	GAA	2	6	98199	98204	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
453	NC_017304	CCT	2	6	98213	98218	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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455	NC_017304	AAC	2	6	100240	100245	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
456	NC_017304	TCC	2	6	101291	101296	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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467	NC_017304	TA	3	6	104990	104995	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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469	NC_017304	TAA	2	6	105038	105043	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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471	NC_017304	CCT	2	6	105074	105079	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
472	NC_017304	ATTT	2	8	105086	105093	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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481	NC_017304	TA	3	6	109178	109183	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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486	NC_017304	A	9	9	109272	109280	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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492	NC_017304	TGCA	2	8	109509	109516	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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494	NC_017304	A	6	6	109553	109558	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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497	NC_017304	AATT	2	8	110481	110488	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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